細菌性扁桃炎

原因（起炎菌）としてはA群β溶血性連鎖球菌、肺炎球菌、黄色ブドウ球菌、インフルエンザ桿菌、緑膿菌などが多い。
特にA群β溶血性連鎖球菌は溶連菌とも呼ばれ、のどの痛み、発熱などの症状が強い。

ウイルス性扁桃炎

原因（起炎菌）としてはアデノウイルス、インフルエンザウイルス、RSウイルス、EBウイルスなどが多い。

この他に、性行為で感染する病原体（梅毒、淋菌、クラミジア、ヘルペスウイルス、ヒトパピローマウイルス、HIVウイルス）なども、原因となりうる。